История начинается с того, что ученик старшей школы Казуки Муто [武藤カズキ] однажды ночью погибает, защищая девушку от монстра... и тут же просыпается в своей постели, чтобы увериться, что это был всего лишь сон. Однако скоро он выясняет, что случившееся вовсе не было сном — гигантский монстр, напоминающий змею, нападает на Казуки и его сестру. Токико Цумура [津村斗貴子] — девушка, которую он, как оказалось, всё-таки спас, объяснила ему, что монстр этот — гомункул. Спасая её, Казуки был атакован и убит чудовищем. Однако она, испытывая чувство вины из-за произошедшего, воскресила его, поместив в его грудь магический медальон какуганэ, призванный заменить сердце.

Какуганэ, по словам Токико, некое алхимическое устройство, которое, будучи активированным, принимает особый вид, зависящий от того, кто его использует, формируя таким образом уникальную Бусо Рэнкин (рус. «боевую алхимию»). Бусо Рэнкин — единственное, что может уничтожить гомункула. Используя какуганэ, Казуки создаёт свою Бусо Рэнкин — «Сердце солнечного света», внушительного вида копьё. Вместе с Токико, владеющей Бусо Рэнкин под названием «Юбка Валькирии» (смертоносная коса), Казуки вступает в войну против гомункулов и их хозяина.

The story begins when high school student Kazuki Muto is killed one night saving a mysterious girl from a monster, only to wake up in his school dorm, believing it to have been a dream; however, he soon finds out that dream wasn't a dream at all when a giant serpentine monster attacks him and his sister. Tokiko Tsumura, the girl he saved, explains that the monster is a homunculus. Kazuki had been attacked and killed by it when he was rescuing her; however, she, feeling responsible for him, revived him by placing a Kakugane medallion in his chest, serving as a replacement heart.

The Kakugane, as Tokiko explains, is an alchemical device that, when activated, takes a certain form based on the Kakugane's user, forming a unique Buso Renkin. The Buso Renkin is the only thing that can destroy a homunculus monster. Using this, Kazuki creates his own Buso Renkin (the "Sunlight Heart," a huge lance). Along with Tokiko and her own Buso Renkin (the "Valkyrie Skirt," an execution scythe), Kazuki joins the fight against the homunculi and their master.