Начинается новый учебный год, и Канамэ Тидори (千鳥 かなめ) вместе с её помешанным на войне одноклассником Сагарой Сосукэ (相良 宗介) возвращаются в старшую школу Дзиндай, где их ждут очередные приключения.

И хоть Сосукэ пытается жить жизнью обычного подростка, случающиеся одна за другой неприятности не дают ему расслабиться: то Канамэ похитят, и придется запугивать хулиганов, то неподалёку объявится маньяк, и, переодевшись в Бонта-куна, вооружённого до зубов маскота, придётся его ловить, а то и вовсе старший офицер Телета Тестаросса (テレサ・テスタロッサ) решит взять отпуск и провести пару недель в качестве японской школьницы...

Sergeant Sousuke Sagara returns to Jindai High School to protect the precious war asset, Kaname Chidori, from any threat. However, his lack of social skills and real-life experience result in comical yet dangerous situations, endangering the peaceful school life Kaname longs for. As Sousuke continues to bring a wide range of weapons to school as a means to solve threats—real or fake—Kaname struggles to fulfill her duty as the student council vice president all while keeping him in check.

To ensure a successful mission, Sousuke is occasionally forced to use the costume of a famous amusement park mascot called Bonta-kun. With his technical expertise, he eventually transforms the exuberant uniform into a cutting-edge exoskeleton that has only one dysfunction: the voice translator can only produce the sound "mofu."

Full Metal Panic? Fumoffu depicts the adventures of Kaname and Sousuke as they try to live their normal school lives despite the chaos they inadvertently cause.

[Written by MAL Rewrite]