Главной героиней этой истории является девушка по имени Мэдака Куроками [Medaka Kurokami], сильнейшая в академии Хаконива, она же и глава студенческого совета. Благодаря установленному ей ящику для предложений студенты могут оставлять свои просьбы о помощи 24 часа в сутки 365 дней в году. Вместе с членами совета Зэнкичи [Zenkichi Hitoyoshi], Коки [Kouki Akune] и Моганой [Mogana Kikaijima] она берется за решение любых проблем в академии, будь то сверхъестественные силы или просто любовные неприятности студентов.

История продолжается. На сцену выходят новые герои и новые соперники. Таинственная организация «План Икс» начинает свою деятельность и сразу же направляет одного из своих агентов, лидера комитета общественной нравственности Мёри Унзэн, сразиться с Мэдакой. Но душа девушки тревожит еще одна вещь — председатель Хакама Ширануй продолжает свои попытки контроля над Мэдакой и учениками класса 13.

After the defeat of Myouri Unzen at the hands of Medaka Kurokami and her Student Council, peace has returned to Hakoniwa Academy—at least, for a short while. Soon, Medaka, Zenkichi Hitoyoshi, Kouki Akune, and Mogana Kikaijima find themselves wrapped up in another sinister scheme, known as the "Flask Plan," led by the school's principal himself.

However, the council's first problem is to deal with a whole new group of superhuman students calling themselves the "Thirteen Party," led by the egotistical but powerful Oudo Miyakonojou. With the mysterious Flask Plan, Oudo's tyranny, and the resurfacing of an old enemy, the state of Hakoniwa Academy is far from tranquil, and Medaka and her companions have their hands full as things only get a lot more abnormal.

[Written by MAL Rewrite]