В 2199 году инопланетная раса из Империи Гамилус во главе с Лордом Деслером [Aberdt Desler] нападает на Землю, чтобы завоевать её. Поскольку их родной атмосферой является радиация, то они обстреливают радиоактивными астероидами поверхность планеты, делая в итоге жизнь на её поверхности непригодной для людей, из-за чего человечество вынуждено уйти под землю. Однако радиация оказывает своё разрушительное влияние даже на подземные города.

Тем временем на Марсе терпит крушение космический корабль другой цивилизации. На борту Сусуму Кодай и Дайсукэ Сима находят погибшую девушку с посланием от правительницы планеты Искандер. В расшифрованном послании Старся Искандар предлагает землянам помощь в борьбе с космической угрозой, приглашая их на свою родную планету, где есть некое устройство, способное очистить поверхность Земли от радиоактивного загрязнения. К посланию была прикреплена инструкция для создания мощного космического двигателя. Отыскав на планете затонувший еще во время Второй Мировой войны корабль Ямато, главные герои модифицируют его и под командованием капитана Дзюдзо Окиты [Juuzou Okita] отправляется в космическое плавание прямиком к Искандеру. Однако, у экипажа Ямато есть ровно год, чтобы совершить это путешествие, иначе человеческой расе придет конец.

In the year 2199, Earth is a mere shell of its former glory after a vicious bombardment by the Gamilas Empire. The inhabitants have been forced underground to escape the irradiated surface, but the deadly radiation inches closer and closer to the retreating population. With only one year before complete and utter extermination, time is fast running out and hope is in short supply.

So far, any attempt to escape or retaliate has been instantly annihilated by the alien empire—until an emergency transmission from the planet Iscandar in a neighboring galaxy offers a glimmer of hope to save the doomed planet. Covertly, Earth's Self Defense Force constructs a faster than light engine for a journey to Iscandar. Armed with new weapons and a determined crew of fearless navy men, the World War II era battleship Yamato is reborn as Space Battleship Yamato. She and her crew set out on a perilous journey across the stars to save their home and the entire human race.

[Written by MAL Rewrite]