У Юдзи Кайдо обнаружили смертельную болезнь. Чтобы выиграть время и не дать вирусу развиться, Юдзи погружают в криогенный сон — пока нет лекарства, способного победить неподдающийся лечению недуг.

Он просыпается спустя 22 года. Но нынешняя Земля не имеет ничего общего с воспоминаниями о ней. Инопланетная раса насекомоподобных жуков захватила власть над планетой. Пришельцев назвали «синие» — по цвету их панциря. Спасаясь от нашествия, люди создали космическую станцию под названием «Вторая Земля», однако живут на ней лишь избранные.

Юдзи встречает группу, отправленную за такими же «спящими» в криогенных камерах. Они должны добраться домой на станцию, пробивая свой путь сквозь полчища жуков. Однако это совсем не просто — синие сильны и многочисленны, они яростно нападают на людей, не оставляя им надежду на спасение.

Blue Gender takes place in the not too distant future in a world where things have gone terribly wrong for humanity. Humans have been replaced at the top of the food chain by the Blue, a race of bug-like aliens that have colonized Earth and pushed humans aside. A space station, Second Earth, has been constructed as a safe haven for humans, with the hope of one day reclaiming the Earth once more.

Yuji Kaido was cryogenically frozen, having been suffering from a disease known as B-Cells. Once awakened, he joins a team of soldiers that have come to Earth to extract him. Unfortunately, nothing goes according to plan as they make their way back to Second Earth.

Yuji will have to deal with the horrors of fighting a bloody war as he and the fighters from Second Earth look to survive. Will they be able to win back Earth without losing their humanity?