В далёком будущем человечество раскололось на две враждующие фракции: Союз и Дигу. Они воюют так долго, что уже никто не помнит, с чего всё началось. Основу боевой мощи Союза составляет пилотируемая система Стрэйн, в то время как Дигу используют неизвестную технологию беспилотных машин под названием Томору.

Сара Верек, дочь уважаемой семьи, поступила в академию космических войск, чтобы тренироваться и стать ризонером — пилотом Стрэйна. Ральф Верек, старший брат Сары, был послан на специальную миссию, ещё когда ей было 11 лет, но благодаря технологии сверхскоростных полётов для Ральфа прошло всего два года, и она мечтает о том дне, когда они снова смогут воссоединиться.

Но однажды, на научную базу, на которой проходит подготовка ризонеров, внезапно нападает хорошо организованная группа Дигу, которую возглавляет предатель. Пытаясь остановить вторжение, Сара вступает в бой и вскоре обнаруживает, что предатель — Ральф Верек! Он будто другой человек... Серьёзно ранил Сару, повредил её мимик (копия мозга ризонера, необходимая для пилотирования Стрэйна), и, убив практически всех на базе, Ральф похищает таинственную девочку, спящую до этого в капсуле.

Теперь Саре больше нечего терять и, чтобы выяснить правду, встретить брата и добиться ответов, она готова пойти на всё.

Eleven-year-old Sara Werec's elder brother, Ralph, was sent to the frontlines of an interstellar war 130 light years away, and Sara vowed to reunite with him one day as a comrade. Five years later, Sara is a student at Grapera Space Armed Soldier Academy, training to become a Reasoner, a pilot of an advanced weapons system called a "Strain."

When the academy is suddenly attacked by enemy forces, Sara enters battle against a Strain that quickly overpowers her. After incapacitating her, the pilot reveals himself to be her Ralph. Killing all the other students and destroying the school, he disappears, leaving Sara to question everything she has ever known. Soukou no Strain is the story of Sara as she reenters training under a new name, now determined to confront her brother and make sense of her brother's actions.

[Written by MAL Rewrite]