Главная героиня аниме — юная и милая девушка по имени Эруна Итиномия. В предвкушении счастливой и беззаботной школьной жизни она поступает в старшую школу «Микагура», где помимо учёбы необходимо ещё и придерживаться местных, весьма жёстких правил. Новоиспечённая старшеклассница Эруна при поступлении даже не подозревала о возможных последствиях обучения в элитной школе.

Вскоре героиня узнаёт о законодательном существовании культурных клубов, которые живут по суровым порядкам. В каждом из них выбирается сильнейший участник, который впоследствии становится официальным представителем клуба. Всё это ради великого соревнования, исход которого определяет статус и положение каждого учащегося в школе. Причём основным оружием в битве являются уникальные сверхъестественные способности.

Эруна слишком поздно осознаёт смысл деспотичной политики «Микагуры» и, сама того не ведая, становится участницей, точнее официальным представителем одного из клубов. Теперь ей предстоит сразиться за почёт и уважение, а также за право остаться в «Микагуре».

Сможет ли Эруна выстоять беспощадный поединок с самой судьбой? Или же девушка откажется от выпавшего на её долю испытания?

To be around cute girls wearing cute clothing is all Eruna Ichinomiya desires. Since Mikagura High School happens to have the cutest uniforms around, she decides to enroll in this prestigious high school known for its cultural clubs.

However, she does not realize that joining a club is mandatory, and representatives from each club must battle for a ranking. Based on these rankings, club members are awarded housing and food. Chasing after Seisa Mikagura, the most beautiful girl in school, Eruna joins the going-home club but finds herself thrust into fighting the next club battle. With the other club representatives wielding unique powers, the competition is sure to be fierce!

Based on the popular song series, Mikagura Gakuen Kumikyoku follows Eruna as she explores the various clubs in school and assists the members with their troubled lives, all of whom are also vying for the top spot in school.

[Written by MAL Rewrite]