Как же сложно найти себе идеальную девушку, особенно если ты девушка сама, а парней ненавидишь: они грязные, мерзкие, и от них тут же сыпь по всему телу проступает...

Канако Миямаэ переводится в женскую академию «Небесные королевы» в надежде встретить там любовь своей мечты. В первый же день, заблудившись по дороге в академию, она встречает Марию Сидо [祇堂 鞠也], обворожительную младшеклассницу с изящными манерами и прелестным голосом. Познакомившись и пообщавшись немного, они расходятся, а на прощание Мария целует Канако. О-о, очень неплохо, именно такие девушки Канако и нравятся!

В общежитии Канако поселяют в одной комнате с местной звездой Рюкэн Исимой [石馬 隆顕], высокой, стройной, всегда ко всем доброй и успешной во всём, чем занимается; в академии есть даже её фан-клуб. Ещё лучше!

Однако мечты Канако рушатся, когда, зайдя в раздевалку стрелкового клуба, она застаёт там Марию, оказавшуюся... не совсем девушкой. Для проверки Канако делает кое-что очень неприличное и с ужасом понимает, что она не ошиблась — это парень! И не из робкого десятка — шантажом получив от неё клятву молчать, Мария отпускает Канако.

Та в шоке бредёт в свою комнату в общежитие, надеясь хоть там-то выплакаться и рассказать всё своей соседке Рюкэн. Однако Мария времени даром не теряет, и, вернувшись в свою комнату, Канако обнаруживает, что Рюкэн переселили, а у неё новая соседка — кошмар всей её жизни, Мария.

In search of true love, Kanako Miyamae transfers to Ame no Kisaki Catholic school, inspired by how her parents fell in love with each other there. There is just one difference, though: because men make Kanako break into hives, she has actually come to the all-girls school to find a partner of the same sex.

When she meets the beautiful Mariya Shidou, Kanako believes she has found that special someone; however, there's more to Mariya than meets the eye—it turns out that Kanako's first love is actually a cross-dressing boy. Mariya threatens to expose Kanako's impure intentions unless she keeps his real gender a secret, and to make things worse, he also replaces her original roommate so that he can now keep a close eye on her.

Maria†Holic follows Kanako as she looks for love in all the wrong places and searches for the girl of her dreams—that is, if she can survive being Mariya's roommate!

[Written by MAL Rewrite]