История Макроса рассказывает о том, как человечество столкнулось с огромной угрозой — вторжением инопланетян. В этой войне им пришлось построить огромное количество космических кораблей и отправиться бороздить просторы Вселенной, чтобы найти для себя новый дом. В этой войне индивидуальные способности каждого человека играют важную роль: ведь если проиграть это сражение, то ценой за это может стать вся судьба человечества.

События этого сериала разворачиваются в 2067 году, спустя 8 лет после истории «Макросс Фронтир». Команда «Валькирии», полная талантливых идолов и пилотов, работает рука об руку с эскадрильей «Дельта»: вместе они сражаются против «Синдрома Вар» — таинственной сущности, все стремительней поглощающей Галактику. Однако, помимо этого, им приходится то и дело бороться с «Воздушными рыцарями», группой Валькирий из Королевства Ветра.

Eight years after the events of Macross F, a mysterious phenomenon known as the Var Syndrome is gradually consuming the galaxy. It's up to a new generation of highly capable Valkyrie pilots to deal with this universal menace. And if they didn't have enough on their plate already, the Aerial Knights Valkyrie fighter team from the Kingdom of Wind have come to challenge the Delta Squadron.