Человечество, будучи поставленным перед угрозой уничтожения от рук инопланетных пришельцев — Зентреди, высылает флоты колонизационных кораблей в космос с целью реализовать миссию по обеспечению собственного будущего. В одном из таких флотов под названием «Макрос Фронтир» жизнь старшеклассника Саотомэ Альто (早乙女アルト) навсегда меняется, когда флот неожиданно атакуют неизвестные существа, как раз в то время, когда он проводит показательное выступление на концерте чрезвычайно популярного поп-идола Шерил Ноум (シェリル・ノーム).

Отряды пришельцев сеют разрушение и хаос; и у Альто, чтобы защитить Ранку Ли (ランカ・リー) — молодую девушку, которую он встретил всего несколькими часами ранее, не остаётся иного выбора, кроме как занять место погибшего пилота в кабине новейшего боевого юнита. Отметив его действия в ходе инцидента, частная военная компания «S.M.S. Skull Squadron» приглашает Альто присоединиться к их организации, в рядах которой он впоследствии и продолжит защищать как своих друзей, так и «Макросс Фронтир».

Following a catastrophic war against a race of giants known as the Zentradi, humanity has escaped towards the center of the galaxy aboard a fleet of colonial vessels called the Macross Frontier. As the extraterrestrial threat is left further and further behind, life on Macross Frontier proceeds as usual.

In the year 2059, a young mecha pilot trainee named Alto Saotome and his colleagues are preparing to perform an accompanying routine for the famous singer Sheryl Nome, who has come to Macross Frontier for a concert. During the performance, a biomechanical alien species known as the Vajra make a sudden appearance, breaking through the defensive perimeter surrounding the vessel and crash-landing near the concert venue, plunging the entire city into chaos. As the concertgoers evacuate, a young girl named Ranka Lee is left behind and gets targeted by the Vajra, but she is saved at the last minute by Alto. Following these events, the Strategic Military Services program notes Alto's skill in battle, resulting in his recruitment to combat the new alien threat.

[Written by MAL Rewrite]