История начинается с того, как мальчик по имени Такуя получает на свой телефон загадочное сообщение. Прочитав его, паренёк отправляется на станцию, указанную в тексте. Прибыв на место, Такуя попадает в очень странное место, где полным-полно детей и поездов. Сев на один из них, мальчик, вместе с ещё четырьмя людьми, отправляется в Цифровой мир, который им предстоит спасти. По пути они должны будут найти духов, при помощи которых друзья смогут превращаться в легендарных дигимонов.

Однако враги уже знают о том, что они прибыли и самый главный из них — Керубимон — готов пойти на всё, лишь бы не позволить им найти духов.

With five new kids and an exciting new mission in the Digital World, Digimon Frontier brings back all the great action and adventure of the last three seasons. Takuya, Kouji, Izumi, Junpei. and Tomoki meet each other in a train that takes them to the Digital World where a war against evil is being fought. The Angel digimon, Cherubimon, one of The three angels sent to save the World from the power-hungry Lucemon, has turned to the dark side and the entire Digital World is in peril. To fight this great battle, the five CHOSEN ONES must find the Densetsu no Spirit (Legendary Spirit).