Долгая и затяжная война между человечеством и расой разумных машин, называемыми «механоидами», наконец-то подошла к концу. Когда власть механоидов во Вселенной расширилась, и Земля практически перешла под их контроль, обе стороны, хоть и с неохотой, но приняли перемирие.

Зеро [ウォーリアス・ゼロ], адмирал флота человечества в Великой Галактической войне, теперь служит капитаном буксирного судна и, даже потеряв на войне всю семью, продолжает так же верно защищать Землю. В одном из заданий на буксирном судне Зеро попадает под атаку неизвестного пиратского корабля, прозванного «Тенью смерти», и даёт бой, который, однако, проигрывает. Позднее командование поручает Зеро миссию: захватить внушающего страх на всю Галактику легендарного пирата капитана Харлока [キャプテン・ハーロック], который, как выяснилось, был тем самым нападавшим. Теперь уже под флагом Независимого Флота, вместе со своим бывшим военным линкором «Кария» и командой, состоящей из механоидов и людей, Зеро придётся обыскать всю Вселенную, чтобы выйти на след легендарного пирата.

The long war between the planet Earth and the machine men is finally over, resulting in a peace that is more a victory for the machine men than the Earth. Warrius Zero lost his family in the war to the machine men but despite this he is still is a member of the Earth fleet that is now working in concert with the machine men. His ship, made up of both humans and machine men, has been given a near impossible task: capture the space pirate Captain Harlock. While Zero struggles to accomplish this task, evidence begins to surface that the peace between machine men and Earth may not be as it seems...

(Source: ANN)