Прямое продолжение аниме-сериала «Югио! Дуэльные монстры».

С момента битвы против Фараона прошло уже полгода. Юги Муто и его друзья перешли в третий класс старшей школы, и они думают над тем, чем будут заниматься в будущем. В это время Сэто Кайба не бросает попытки вернуть душу Фараона, попутно заново собирая «Головоломку тысячелетия», но ему мешает загадочный человек по имени Аигами. Также Сэто работает над новой системой виртуальных дуэлей, способной перевернуть всю индустрию «Дуэльных монстров».

Obsessed with revenge against the King of Games, Seto Kaiba commences an excavation in Egypt to find the fragments of the Millennium Puzzle, which once retained the spirit of the "counterpart Yuugi." However, a cloaked man steals two pieces of the Puzzle and disappears before it could be reconstructed. Meanwhile, now in their final year of high school, Yuugi Mutou and his friends plan for their futures, unaware of the danger lurking close by.

Yu☆Gi☆Oh! The Dark Side of Dimensions tells the tale of vindictive forces distorting reality in whatever way they please. Will Seto and Yuugi move past their differences and save the world, or will Seto's own greed get the better of him?

[Written by MAL Rewrite]