Действие происходит в вымышленном мире, где существуют загадочные Игрушки, дающие людям сверхчеловеческие способности. Шерлок «Шерли» Шеллингфорд, Ниро Юдзурисаки, Эркюль «Элли» Бартон и Корделия Глаука — самые популярные ученицы Академии Холмса. Благодаря командной работе и силам, которые дают им их Игрушки, они раскрыли множество дел и пользуются популярностью и уважением среди жителей Йокогамы, Города Детективов.

Шерли использует телекинез, Ниро способна управлять механизмами, Элли обладает огромной силой, а Корделия способна обострять свои чувства, в том числе и шестое. А вместе их называют «Милки Холмс».

Но однажды, тёмной и дождливой ночью, во время битвы с королевой Призрачных Воров, леди Арсен, они теряют свои Игрушки, и их жизни резко меняются...

"Toys" are powers bestowed upon those chosen to wield them, each having qualities that are unique to their users. Some of these individuals are born pure, using their powers to become detectives. Others bloom laced with poison and choose to become phantom thieves. These two opposing factions caused the formation of various detective academies around the globe—training detectives to fight and catch the phantom thieves.

Sherlock Shellingford, Nero Yuzurizaki, Hercule Burton, and Cordelia Glauca form "Milky Holmes", a group recognized as the cream of the crop in the Yokohama-based Holmes Detective Academy. However, in a skirmish against the phantom thief Arsene, their Toys suddenly disappear, deeming them unfit to continue as detectives. Stripped of their prestigious life and thrown into a rundown attic, they face expulsion if they fail to regain their powers within the next three months.

Tantei Opera Milky Holmes tells the story of a once-legendary group in their journey to recover their Toys, as well as attempting to continue their line of work without the powers that once defined their career.

[Written by MAL Rewrite]