После победы над последним Ангелом, у Nerv остался единственный враг — люди под командованием Seele. Впавшему в депрессию нерешительному Синдзи Икари предстоит сделать важный выбор: полностью принять существование человечества или отказаться от человеческой индивидуальности. Параллельно, командующий Nerv Гэндо Икари готовится инициировать проект совершенствования человечества, используя Рей Аянами и Лилит для реализации своей заветной мечты. Судьба мира висит на волоске, приближается решающая финальная битва.

«Евангелион нового поколения: Конец Евангелиона» служит альтернативным финалом противоречивых последних эпизодов «Евангелион нового поколения».

Shinji Ikari is left emotionally comatose after the death of a dear friend. With his son mentally unable to pilot the humanoid robot Evangelion Unit-01, Gendou Ikari's NERV races against the shadow organization SEELE to see who can enact their ultimate plan first. SEELE desires to create a godlike being by fusing their own souls into an Evangelion unit, while Gendou wishes to revert all of humanity into one primordial being so that he can be reunited with Yui, his deceased wife.

SEELE unleashes its military forces in a lethal invasion of NERV headquarters. As SEELE's forces cut down NERV's scientists and security personnel, Asuka Langley Souryuu pilots Evangelion Unit-02 in a desperate last stand against SEELE's heaviest weaponry.

The battle rages on, and a depressed Shinji hides deep within NERV's headquarters. With the fate of the world resting in Shinji's hands, Captain Misato Katsuragi hunts for the teenage boy as society crumbles around them.

[Written by MAL Rewrite]