Оставшись после Четвёртого удара без своих Евангелионов, Синдзи, Аска и Рей находят убежище в одном из редких очагов человечества, которые всё ещё существуют на полуразрушенной Земле. Там каждый из них живёт своей жизнью, совсем не похожей на ту, которая была у них, когда они были пилотами Евы. Однако опасность для мира не миновала. На горизонте маячит новый Удар — тот, который окажется истинным концом Евангелиона. Наконец, запущен проект совершенствования человечества, и теперь Wille предстоит финальный изнурительный бой, чтобы предотвратить Последний удар.

Following NERV's failed attempt to retrieve the Spears of Longinus and carry out the Human Instrumentality Project, the destruction caused by the Fourth Impact has been largely averted. In a state of disarray, Shinji Ikari, Asuka Langley Shikinami, and Rei Ayanami travel to Village 3—a survivor settlement free from Earth's ruination. There, Shinji slowly comes to terms with his past, developing an entirely different life from his days as an Evangelion pilot.

Meanwhile, NERV makes preparations to continue the Instrumentality Project by means of a new Impact. When WILLE's main aerial battleship arrives at the village, Shinji decides to board, believing that he can help by piloting an Evangelion. As new secrets are uncovered and a battle between WILLE and NERV approaches, the future of Earth hangs in the balance. Can Shinji save humanity and the rest of the world one last time?

[Written by MAL Rewrite]