События разворачиваются вокруг девушки по имени Саори Кидо [Saori Kido], обеспокоенной своими таинственными силами. Однажды, при покушении засланного киллера, ее спасает некий юноша, представившийся как Сэйя [Seiya Pegasus], после чего девушка узнает шокирующую истину — она является реинкарнацией греческой богини — [[Афины]], а Сэйя — один из ее 88 святых. Осознавая свое предназначение, Саори отправляется к Святилищу для ведения войны с тамошним патриархом.

Компания из Богини и ее последователей, Бронзовых Святых, должны пройти двенадцать Зодиакальных храмов в святилище Афины [Saori Kido] в течении двенадцати часов с целью спасти Афину от неминуемой смерти. На этом пути героям предстоит столкнуться со всеми Золотыми Святыми, охраняющими каждый храм. И за этой тернистой дорогой их ждет спасательный круг — лекарство, способное вылечить Афину.

From the dawn of time, there have been warriors who protected the Goddess Athena. Once forces of evil appear, these warriors, called the Saints will present themselves.

A young woman, Saori Kido, learns about this force known as "Cosmos" and that she is the reincarnation of Athena, protector of love and peace on Earth. However, the Pope of the Sanctuary, who is in the charge of all the Saints, does not take kindly to Saori, and targets her for usurping the identity of Athena. An assassin is sent out to kill her. Fortunately, one of the Bronze Saints, Seiya, manages to protect her. But will Seiya be able to protect Saori through to the end in the gripping saga of Saint Seiya: Legend of Sanctuary?