Действие разворачивается вокруг старшеклассника Рэкки Ханабиси, который ещё младенцем попал из прошлого в современную Японию. Он интересуется синоби и считает себя таковым.

Однажды, во время несчастного случая, Рэкка чуть не погибает. От гибели его спасает девушка по имени Янаги, которая обладает способностью излечивать раны. И Рэкка даёт Янаги обещание, что впредь будет всегда помогать ей. Вскоре Рэкка обнаруживает, что способен контролировать огонь и управлять им, и узнаёт, что он сын лидера шестого поколения клана Хокагэ, который был уничтожен.

Теперь Рэкка — лидер нового клана Хокагэ, и его главная задача — не дать своему сводному брату, Курэю, похитить Янаги.

Most people think that ninjas are a thing of the past, but Rekka Hanabishi wishes otherwise. Although he comes from a family that makes fireworks, he likes to think of himself as a self-styled, modern-day ninja. Sounds like fun, right? Maybe not. Rekka ends up in lots of fights because he once made the bold announcement that if someone can defeat him, he will become their servant.

Then one day, Rekka meets Yanagi Sakoshita, a gentle girl with the ability to heal any wound or injury. Their meeting sets off a chain of events, which culminate into a shocking discovery. Rekka is the last surviving member of a legendary ninja clan that was wiped out centuries ago. Even more astonishing than being an actual ninja, he also wields the power to control fire. What does this mean for Rekka? Who are these strange people after him and Yanagi? Find out in Rekka no Honoo!