В 2012 году Японию наводнили Мю — человекоподобные существа с голубой кровью, пришедшие из иного измерения.

В 2015 году захватчики атакуют Токио, но отступают под натиском гуманоидного оружия под названием «долем».

Во время всей этой неразберихи Аято Камина встречает свою одноклассницу Рэйку Мисиму [美嶋 玲香]. В тот же самый день его атакуют люди правительства, но на помощь приходит женщина по имени Харука Сито и сообщает ему, что её послала организация «TERRA», и что Токио был запечатан во временном разрыве, где время бежит лишь с третьей частью той скорости, с какой оно бежит во всём остальном мире. Он скрывается от Харуки и запрыгивает на поезд, где снова встречает Рэйку. Прибыв в Зал Ра, он следует за ней к ужасающих размеров яйцу, из которого вылупился долем Ра-Зефон (англ. RahXephon). Неожиданно появляется мать Аято на вершине долема, остановившего вторжение «TERRA». В битве мать Аято получила ранение, и, увидев её голубую кровь, Аято вместе с Харукой убегают прочь...

The ordinary life of high school student Ayato Kamina is turned upside down when Tokyo is suddenly invaded by futuristic fighter jets. Amidst the chaos, he encounters a woman called Haruka Shitow who claims to be from a government organization called TERRA. She reveals that he has been living in a time bubble named "Tokyo Jupiter" that was put in place by the Mulians—humanoids from another dimension—in an attempt to isolate and take over Tokyo. TERRA has been trying to break through the barrier surrounding the city ever since.

Unable to process the revelation, Ayato panics and flees. He runs into his classmate Reika Mishima who leads him to a place called "The Shrine of Xephon" where a large egg slumbers. She starts to sing and an unknown power awakens within Ayato, connecting him to a being called RahXephon that breaks out of the egg. Shortly after, Haruka finds him again and tries to make him join her cause of fighting against the Mulians.

Caught between the crosshairs of the Mulians and TERRA, Ayato begins to question his purpose, navigating altered memories and ultimately his very identity in this chaotic new world.

[Written by MAL Rewrite]