События разворачиваются в январе 2118 года: Аканэ Цунэмори, выполняя обязанности главного инспектора Бюро общественной безопасности, получает информацию об инциденте, произошедшем на иностранном судне. Аканэ и Ацуси Синдо, руководитель отдела статистики Министерства здравоохранения и социального обеспечения, торопятся на место события, однако по неизвестным причинам полномочия по расследованию передаются Исполнительному отделу бюро по координации действий за рубежом Министерства иностранных дел.

На корабле тем временем обнаружена мертвой Доктор Милиция Стронская, которую Ацуси пригласил на встречу в качестве гостя. За инцидентом стоит организация "Нарушителей мира", которую Исполнительный отдел преследовал на протяжении долгого времени. Первый отдел департамента уголовного розыска выясняет, что инцидент вызван "Нарушителями мира", которые нацелились на исследование доктора Стронской, известное как "Документ Стронской", и создает команду для совместного расследования с Департаментом поведенческих расследований. Там они встречают Шинью Когами, бывшего беглеца из Бюро общественной безопасности. При помощи Дзёдзи Сайги, последнего, кто общался с доктором Стронской, команда отправляется в Дэдзиму для получения документа. Аканэ и Когами сталкиваются с неожиданно крупным делом, связанным с "документом Стронской".

Скрытая истина, способная потрясти японское правительство и систему "Сибилла", впервые будет раскрыта. Это нерассказанная история — связующее звено между "Психопаспорт: Грешники системы — По ту сторону царства" и "Психо-Пасс 3".

In 2113, the Ministry of Foreign Affairs (MFA) dissolved their secret paramilitary unit known as the Peacebreakers. However, the squad disappeared, and their activities remained a mystery. Five years later, the Peacebreakers resurface when they murder Milcia Stronskaya, a scientist in possession of highly classified documents essential to the future of the Sybil System—Japan's surveillance structure that detects potential criminals in society.

To investigate the incident and prepare for a clash against the Peacebreakers in coordination with the MFA, the chief of the Public Safety Bureau decides to recruit the former Enforcer Shinya Kougami back into the force. Having defected years ago, Kougami currently works for the MFA under Frederica Hanashiro's command. Kougami's return creates tensions between him and his former colleagues Akane Tsunemori and Nobuchika Ginoza, but they must set aside their past grudges to focus on ensuring the security of the Sybil System.

[Written by MAL Rewrite]