Жизнь Такаши Нацумэ по-прежнему связана с тесным общением как с людьми, так и с ёкаями. Но случайно Нацумэ встречает своего старого знакомого Юки [結城 大輔]. Это воссоединение пробуждает в юноше болезненные воспоминания о неком ёкае, но встреча со старой подругой бабушки — Йориэ Цумурой [津村 容莉枝], помогает Нацумэ не только узнать много нового, но и позабыть о мучительном прошлом. Это славное общение омрачает присутствие ёкая из прошлого. Таинственное семя ёкая попадает в сад семьи Фудживара и за ночь вырастает во фруктовое дерево, плод с которого съедает Нянко [斑]. И тут телохранитель Нацумэ распадается натрое!

Takashi Natsume and his spirit companion Madara, nicknamed "Nyanko," continue returning the names of spirits from the Book of Friends given by his late grandmother Reiko Natsume.

On his way back from school one day, Takashi encounters a lurking spirit named Monmonbou, who recalls memories of Takashi's grandmother after hearing his name. Takashi's natural curiosity leads him to explore a mysterious town where his grandmother used to live. Befriending her old acquaintance Yorie Tsumura and Yorie's son Mukuo, Takashi unveils more of his grandmother's past.

In the meantime, Nyanko detours for food and stumbles upon a suspicious "Spirit Seed," which miraculously sprouts into a fruit tree overnight. Giving in to temptation, Nyanko consumes the fruit, splitting him into three. Seeking a solution to Nyanko's predicament, Takashi and his friends lend a hand, unexpectedly uncovering more secrets the town holds in the process.

[Written by MAL Rewrite]