Во время школьной экскурсии на токийскую телебашню три юных девы Хикару [Hikaru Shidou], Уми [Umi Ryuuzaki] и Фу [Fuu Hououji] были перенесены в мир под названием Сефиро. Несмотря на явное нежелание участвовать в угрожающей их жизни авантюре, они попали в центр интриг по спасению мира, где им в меру своих сил помогает мастер по владению магией Клеф [Clef]. Получив каждая по магической силе, они узнали, что высший жрец Дзагато [Zagato] похитил краеугольный камень Сефиро — принцессу Эмерауд [Emeraude], без которой Сефиро обречён на уничтожение. Эта принцесса и смогла призвать их из Японии ради спасения своего мира.

Hikaru Shidou, Umi Ryuuzaki, and Fuu Hououji are strangers brought together by fate when they meet during a seemingly normal field trip to Tokyo Tower. Accompanied by a great flash of light, they hear a mysterious woman's plea to save "Cephiro," and the junior high heroines are suddenly swept away by a giant flying fish. Afterwards, they arrive in an unknown land, where they encounter a man called Master Mage Clef.

Clef informs the girls that they were summoned by Princess Emeraude to fulfill their destinies as Magic Knights, restoring peace and balance in Cephiro. The formerly lively and peaceful land has been in disarray ever since High Priest Zagato imprisoned the princess, who acted as Cephiro's pillar of stability. The Magic Knights reluctantly accept Clef's words as truth and embark on a journey to save Cephiro from the clutches of evil.

[Written by MAL Rewrite]