Действия разворачиваются в 2027 году, через год после окончания неядерной войны. Нью-Порт Сити продолжает восстанавливаться после войны, когда внезапно подвергается бомбардировке самоходными минами. Тогда же оказывается, что военный чиновник, замешанный в деле со взятками и продажей оружия, был застрелен.

Во время расследования глава отдела публичной безопасности, Дайсукэ Арамаки [Daisuke Aramaki], сталкивается с Мотоко Кусанаги [Motoko Kusanagi], назначенной в 501-ый секретный отдел. Бато [Batou] подозревает, что в недавних событиях замешана Кусанаги [Motoko Kusanagi], которая не пострадала при бомбардировке. Детектив полиции префектуры [[Ниихамы]] Тогуса [Togusa] расследует два дела об убийстве. Мотоко [Motoko Kusanagi] же находится под постоянным наблюдением главы 501-го секретного отдела, Куруцу, и агентов-киборгов.

The anime's story is set in 2027, one year after the end of the fourth non-nuclear war. New Port City is still reeling from the war's aftermath when it suffers a bombing caused by a self-propelled mine. Then, a military member implicated in arms-dealing bribes is gunned down.

During the investigation, Public Security Section's Daisuke Aramaki encounters Motoko Kusanagi, the cyborg wizard-level hacker assigned to the military's 501st Secret Unit. Batou, a man with the "eye that does not sleep," suspects that Kusanagi is the one behind the bombing. The Niihama Prefectural Police detective Togusa is pursuing his own dual cases of the shooting death and a prostitute's murder. Motoko herself is being watched by the 501st Secret Unit's head Kurutsu and cyborg agents.

(Source: ANN)