После смерти отца Масару Сайга получил в наследство огромное состояние. Однако радоваться ему рано, ведь теперь люди жаждут заполучить его и не остановятся ни перед чем, даже перед убийством. Нападения не пришлось долго ждать: какие-то странные фигуры атаковали Масару, и спасся он только благодаря помощи Наруми Като. В ходе ожесточённой схватки выясняется, что напавшие вовсе не люди, а деревянные марионетки, наделённые нечеловеческой силой. Бой ведётся не на равных, так что Наруми уже начал тревожиться, что Масару всё-таки похитят, но откуда ни возьмись появляется загадочная Широганэ. Она объявляет, что является опекуном Масару и прибыла из Франции с оружием — куклой [[Арлекином]]. Вот тут и начинается история цирка марионеток.

Narumi Katou is a middle-aged man who suffers from the bizarre ZONAPHA Syndrome: a rare and inexplicable disease that causes its victims to endure severe seizures at random, with the only cure being to watch someone laugh. One day, during Narumi's part time job, a young boy with a giant suitcase fleeing from three adults runs into him. The boy introduces himself as Masaru Saiga, the new owner of the famous Saiga Enterprises following his father's recent death. However, other members of his family are trying to assassinate him and claim the fortune for themselves.

Determined to save the child, Narumi helps Masaru escape and ends up fighting the pursuers, only to discover that they are sentient humanoid puppets with superhuman strength. As Narumi is about to lose, a white-haired girl suddenly joins the fray and swiftly summons yet another puppet from the boy's suitcase, claiming herself to be Shirogane, Masaru's guardian.

Karakuri Circus follows three people from different backgrounds whose fates intertwine and diverge as they unravel the mysteries of an ancient tale of love and betrayal, and the long, ancient battle between humans and puppets.

[Written by MAL Rewrite]