Тиканэ Химэмия [姫宮 千歌音] и Химэко Курусугава [来栖川 姫子] — две абсолютно противоположные по характеру девушки. И если первая уверенна в себе, привлекает всеобщее внимание, то вторая живёт тихой размеренной жизнью и много нервничает по пустякам. Однако это не мешает девушкам поддерживать очень близкие отношения.

И вот в свой шестнадцатый день рождения, который у обеих девушек приходится на один день, они узнают страшную тайну. На самом деле Тиканэ и Химэко — реинкарнации древних жриц Солнца и Луны, которые в далёком прошлом смогли остановить злое божество по имени Ороти. Но его последователи выжили и теперь вмешались в размеренную жизнь подруг, чтобы убить их и возродить древнего бога. Но осознав свои корни, девушки получили силу и победить их будет не так-то просто! Их ждёт борьба с тьмой из внешнего мира и с тёмными сторонами своей души.

Kannazuki no Miko begins in the village of Mahoroba, where time passes slowly for both man and nature. Two students from the village's prestigious Ototachibana Academy might as well be night and day. Himeko is shy and unassertive, while Chikane is bold and elegant. Despite this, they love each other, and nothing can come between them, no matter how hard they try.

On the two girls' shared birthday, a sinister voice corrupts one of their friends into attacking them, and just when it seemed grimmest, the lunar and solar priestess powers that lay dormant in the two girls awaken, dispelling the evil. That was only the first hurdle, however. The two must now fend off the countless others who would threaten their well-being—even the people closest to them!