Далёкое будущее. Самоцветы — новая форма жизни, населяющая Землю. У них нет гендерных различий, но они наделены бессмертием. Однако жизнь их, как и у людей, непростая: лунные обитатели постоянно терроризируют новых землян, дабы похитить и превратить в обычные украшения. Поэтому 28 самоцветов должны противостоять захватчикам.

Каждому камню предназначена своя роль, например, воин или врач. Будучи всего 300-летним, Фосфофиллит (младший из всей расы), ещё не имеющий своего предназначения, хочет помочь в борьбе против лунных оккупантов, хотя он слишком слаб и хрупок для боя. Но вот, однажды, мастер Самоцветов — Адамант — поручает ему создать энциклопедию истории самородков.

In the mysterious future, crystalline organisms called Gems inhabit a world that has been destroyed by six meteors. Each Gem is assigned a role in order to fight against the Lunarians, a species who attacks them in order to shatter their bodies and use them as decorations.

Phosphophyllite, also known as Phos, is a young and fragile Gem who dreams of helping their friends in the war effort. Instead, they are told to compile an encyclopedia because of their delicate condition. After begrudgingly embarking on this task, Phos meets Cinnabar, an intelligent gem who has been relegated to patrolling the isolated island at night because of the corrosive poison their body creates. After seeing how unhappy Cinnabar is, Phos decides to find a role that both of the rejected Gems can enjoy. Houseki no Kuni follows Phos' efforts to be useful and protect their fellow Gems.

[Written by MAL Rewrite]