В мирные деньки нашей планеты внезапно врываются таинственные летательные аппараты, позже названные «Дзай», способные уничтожить все воздушные боевые силы человечества. Для борьбы с вражескими самолётами каждая страна начнет разрабатывать специальное оружие под названием «Дочери», управляемые автоматическими механизмами пилотирования «анима», которые выглядят как обычные девушки.

Вот уже несколько лет Дзай продолжают штурмовать военные силы Восточной Азии.

Возвращаясь в Японию, флот, на котором находился главный герой истории — Кэй Нарутани, был атакован Дзай вблизи китайского города Шанхай. Во время побега на спасательной шлюпке парень увидел, как красный истребитель выстрелил во вражеский летательный аппарат. Но не всё так хорошо: истребитель был подбит и упал в море. Не долго думая, Кэй решил помочь, но вместо пилота, одетого в оборудование, он обнаружил маленькую хрупкую девочку по имени Грипен, которая является последней надеждой человечества.

Kei Narutani and his childhood friend, Song Minghua, are Chinese refugees who are fleeing from the Zai, a mysterious organization that indiscriminately terrorizes their country and its people. Fortunately, during their escape to Japan, they are saved by a strange red aircraft.

Kei's fascination with this aircraft leads him to meet his savior: a girl who is an "Anima"—the pilot of a unique type of airplane called a "Daughter." The girl goes by Gripen, an adorable JAS-39F fighter aircraft. Kei develops a bond with Gripen and is then recruited by the Japan Self-Defense Force to help Gripen overcome her troubles with flying.

Later joined by Eagle, a carefree F-15J-ANM, and Phantom, a proud RF-4EJ-ANM, the squadron takes up arms, determined to protect humanity. Together, the five individuals battle against the invasive Zai, forming the last line of defense against the threatening alien force.

[Written by MAL Rewrite]