С завершением Фрактала — системы управления миром, человечество наконец-то впервые в истории добилось рая на Земле, где для жизни не надо прилагать никаких усилий. Всю рутинную работу за людей выполняют их аватары, а сами люди могут заниматься всем, чем душе угодно.

Теперь, спустя тысячу лет после активации Фрактала, система все еще действует, однако в живых не осталось никого, кто бы понимал, как она работает, а обслуживающим персоналом теперь являются служители Храма, больше похожего на культ. Подавляющее большинство людей искренне верит в то, что сохранность системы — единственное, что нужно для счастливой и беззаботной жизни.

Главный герой истории, парень по имени Клейн [クレイン・ネクラン], живет обычной бесцельной жизнью. Но однажды он помогает Фрине [フリュネ], беглой жрице Фрактала, спрятаться от неизвестных преследователей. Впрочем, вскоре Фрина исчезает, оставив Клейну странный кулон. Клейну удается расшифровать спрятанные в нем данные и активировать кулон, который после активации превращается в девочку-аватара по имени Несса [ネッサ].

Так Клейн и Несса отправляются в путешествие, в котором им предстоит найти Фрину, повстречать людей из группировки «Потерянное тысячелетие» и узнать правду о Фрактале.

The story takes place on an island, where a "Fractale System" is beginning to collapse. One day, Clain finds an injured girl called Phryne under a cliff. She disappears leaving a pendant. Clain sets out for a journey with the girl-shaped avatar Nessa to look for Phryne and discovers the secret of the Fractale System.