Ещё будучи ребёнком, Сиро Эмия [衛宮士郎] теряет своих родителей в огромном и необъяснимом пожаре. Его спасает, а затем и принимает в свою семью, человек по имени Кирицугу Эмия [衛宮切嗣], утверждающий, что он — маг. Из разговоров семьи, Сиро узнаёт о неудачном стремлении своего отца стать «Героем справедливости», защитником человеческого рода, оберегающим слабых и невиновных. Проникшийся идеями Кирицугу, Сиро намеревается посвятить свою жизнь помощи людям и умоляет приёмного отца научить его магическому искусству, но оказывается бездарным практически во всех фундаментальных магических дисциплинах.

В один прекрасный день Сиро становится свидетелем сражения между двумя невероятно могущественными людьми и непреднамеренно вызывает девушку в сияющих латах ради защиты своей жизни. Позже он узнаёт, что этот конфликт, известный как «Война за Святой Грааль», включает в себя цепочку сражений между семью могущественными магами. Маги могут вызвать «Слуг», героических духов древности, чтобы те сражались за них в битве за обладание реликвией, исполняющей желания, Святым Граалем.

История вращается вокруг Сиро, его затруднительного положения в войне за Святой Грааль и его личной битвы за отстаивание своих идеалов.

After a mysterious inferno kills his family, Shirou is saved and adopted by Kiritsugu Emiya, who teaches him the ways of magic and justice.

One night, years after Kiritsugu's death, Shirou is cleaning at school, when he finds himself caught in the middle of a deadly encounter between two superhumans known as Servants. During his attempt to escape, the boy is caught by one of the Servants and receives a life-threatening injury. Miraculously, he survives, but the same Servant returns to finish what he started. In desperation, Shirou summons a Servant of his own, a knight named Saber. The two must now participate in the Fifth Holy Grail War, a battle royale of seven Servants and the mages who summoned them, with the grand prize being none other than the omnipotent Holy Grail itself.

Fate/stay night follows Shirou as he struggles to find the fine line between a hero and a killer, his ideals clashing with the harsh reality around him. Will the boy become a hero like his foster father, or die trying?

[Written by MAL Rewrite]