Данный аниме-сериал, в отличие от своего предшественника 2006 года, основан на альтернативном руте одноимённой визуальной новеллы.

Ученик старшей школы Сиро Эмия невольно становится участником войны за Святой Грааль, которая проходит в японском городе Фуюки каждые 60 лет. Это борьба семерых магов за обладание легендарным артефактом — Святым Граалем, который исполнит любое желание победителя и таким образом изменит его судьбу. Каждый маг с момента своего начала участия в войне призывает слугу — одну из великих героических душ прошлого или будущего, сражающегося на стороне своего хозяина. Битва ведётся до тех пор, пока не останется лишь один мастер со своим слугой. Сиро Эмия случайно призывает Сэйбер — слугу, поставившую себе цель добраться до Грааля любым путём. Однако он не желает участвовать в битве, так как в прошлой войне потерял всю свою семью. Эмии начинает помогать Рин Тосака — сильный маг, которая учится в той же школе, что и Сиро. Но правила войны Святого Грааля указывают на то, что рано или поздно им предстоит сразиться между собой...

The Holy Grail War is a battle royale among seven magi who serve as Masters. Masters, through the use of the command seals they are given when they enter the war, command Heroic Spirits known as Servants to fight for them in battle. In the Fifth Holy Grail War, Rin Toosaka is among the magi entering the competition. With her Servant, Archer, she hopes to obtain the ultimate prize—the Holy Grail, a magical artifact capable of granting its wielder any wish.

One of Rin's classmates, Shirou Emiya, accidentally enters the competition and ends up commanding a Servant of his own known as Saber. As they find themselves facing mutual enemies, Rin and Shirou decide to form a temporary alliance as they challenge their opponents in the Holy Grail War.

[Written by MAL Rewrite]