2015 год. В мире все еще господствует магия. Для сохранения своего рода человечество возвело научную лабораторию под названием «Халдея». Суть ее существования заключалась в том, чтобы наблюдать за миром при помощи той самой магии и достижений человечества. Благодаря усилиям ученых было подтверждено, что человечеству оставалось жить еще как минимум 100 лет. Однако «Халдея» зафиксировала некую аномалию, в результате которой наблюдаемая лабораторией область будущего внезапно исчезла. Все эти события привели к панике, и ученые принялись изучать полученные данные. Выяснилось, что в городе Фуюки в 2004 году существовала область, которая ни разу за всю историю существования «Халдеи» не попадала в поле ее зрения. Также подтвердилось вымирание человечества уже в 2017 году.

По результатам полученных данных «Халдея» принимает решение задействовать программу «Рейшифт». Смысл — отправить группу специально подготовленных людей (Мастеров) в прошлое для ликвидации аномалии. Однако, в лаборатории происходит взрыв, и все Мастера оказываются в критическом состоянии. Одному из них, Рицуке Фудзимару [藤丸 立香], все же удается попасть в прошлое, где разворачивалась легендарная война за Святой Грааль. Теперь ему предстоит выяснить, что же на самом деле произошло, и, по возможности, устранить угрозу.

In 2015, the Chaldea Security Organization draws on experts of both the magical and mundane fields to observe the future of mankind for possible extinction events. Humanity's survival seems assured for the next century—until the verdict suddenly changes, and now eradication of the species awaits at the end of 2016. The cause is unknown, but appears to be linked with the Japanese town of Fuyuki and the events of 2004 during the Fifth Holy Grail War.

In response, Chaldea harnesses an experimental means of time travel, the Rayshift technology. With it, Ritsuka Fujimaru, a young man newly recruited to the organization, and the mysterious girl Mash Kyrielight, can travel back to 2004 and discover how to save humanity. A grand order to fight fate has been declared—an order to change the past and restore the future.

[Written by MAL Rewrite]