Прошло три года после событий, развернувшихся «Приключениях Дигимонов 02».

Главные герои сталкиваются с различными подростковыми проблемами — в дружбе, любви и учёбе. Они уже не так близки, как были раньше, и медленно отдаляются друг от друга.

В один день, когда у Таити [八神 太一] должен был состояться футбольный матч, а у Ямато [石田 ヤマト] — концерт с его группой, в Японию из Америки прилетела в гости Мими [太刀川 ミミ]. В это же время в наш мир проник Дигимон и напал на город перед глазами у Таити. Парня уже было загнали в угол, как вдруг появился Агумон [アグモン] и помог ему.

Выясняется, что некоторые Дигимоны в цифровом мире были заражены. Теперь все Дигимоны-партнёры вернулись обратно к своим избранным детям, чтобы вместе снова спасти наш и цифровой миры.

Груз, который обрушивается на плечи наших героев, становится для них слишком тяжёлым. Они начинают испытывать страх, неуверенность в себе, поддаются давлению со стороны прессы и окружающих людей. Ко всему прочему, в городе объявляется новый избранный ребёнок.

Хоть главные герои и рады вновь увидеть своих старых друзей Дигимонов, им предстоит преодолеть множество трудностей.

The gate to the Digital World has been closed for three years. Taichi Yagami and his friends have since moved on, and now that he is in his second year of high school, it is time for him to grow up. While everyone else knows what they want to do with their lives, Taichi remains unsure. Meanwhile, the group drifts further apart as they follow their own paths.

One day, a rogue insectoid Digimon called Kuwagamon materializes and disrupts electronics all over the city. Taichi recklessly chases after it and ends up cornered by the attacking Digimon. Suddenly, the Digivice that he still carries—a digital device that serves various purposes including helping one's Digimon partner to evolve—glows, and Agumon appears. The two are able to defeat Kuwagamon, but why did the Digimon cross over to this world in the first place? What is happening in the Digital World, and how exactly does this involve Meiko Mochizuki, the new transfer student in Taichi's class?

[Written by MAL Rewrite]