Мир был близок к полному уничтожению «Абсолютным отчаянием», который вызвал «Самое большое, самое ужасное, самое трагичное событие в истории человечества». Для того, чтобы спасти этот мир от хаоса, была сформирована группировка «Фонд Будущего». Хотя организация продолжает свою деятельность по восстановлению мира, Макото Наэги находится под подозрением в измене за защиту «Остатков отчаяния».

Члены «Фонда Будущего» собрались вместе, чтобы принять решение о его наказании, но, в конечном итоге, попались в ловушку и должны принять участие в «Финальной убийственной игре» Монокумы [モノクマ]. У участников есть странный браслет, который в определённое время выпускает усыпляющий газ. Пока все спят, предатель, находящийся среди них, убивает члена «Фонда Будущего».

Чтобы выжить, они должны определить предателя и остановить убийства. Макото вынужден столкнуться с игрой смерти, где единственный выход — убить или быть убитым. История отчаяния, в которой надежда убивает надежду, начинается.

After Makoto Naegi and his fellow survivors escaped Hope's Peak Academy to the world beyond, they soon join the Future Foundation, an organization dedicated to combating despair. Just when all seems to be looking up, Naegi is arrested and tried for betrayal due to defending a malicious group of Remnants of Despair. Standing before all of the Future Foundation executives, he finds himself, along with Kyouko Kirigiri and Aoi Asahina, facing an unknown fate.

The matter at hand only escalates when the organization's supposedly impenetrable security is hacked into by a familiar face: Monokuma. Much to Naegi's horror, the mechanical bear immediately announces the beginning of a new killing game, as moments later, the first victim appears as a signal for despair to resume its brutal conquest.

Naegi, the Super High School-Level Lucky Student, must once again unravel the mystery as his colleagues and friends begin falling around him. However, there are no more class trials; among the 16 desperate participants, there is only one killer—and their death means the end of this infernal game.

[Written by MAL Rewrite]