Около тысячи лет тому назад Земля была разрушена. Однако некий выдающийся человек, известный как Y, смог восстановить планету. Он переделал её в огромный механизм, состоящий из великого множества шестерёнок, за что последний и получил своё название — «механическая планета». На поверхности этих шестерён строились различные города. Но с того момента, как Землю перестроили, все технологии, которые вырабатывали электромагнетизм, поставили под запрет из-за того, что они мешали нормальной работе шестерней.

Наото Миура — обычный школьник, увлекающийся механизмами. Однажды на его дом падает древний андроид по имени Рюдзу, разработанный тем самым гениальным человеком Y. Наото удаётся отремонтировать Рюдзу и вновь запустить её, после чего она признаёт в нём своего нового хозяина. Позже выясняется, что Наото может определять малейшие неисправности в механизмах, полагаясь лишь на свой слух, и делает он это во много раз лучше профессионалов.

Чем же закончится эта механическая история?

Legend tells that when the Earth was destroyed, the great clockmaker Y made a replacement from cogs and gears. Naoto Miura is a young boy who aspires to be a great clockmaker. However, despite his unique talent—sensitive hearing that can immediately understand clockwork mechanics from noise alone—he has made little progress. But this changes when a coffin falls from the sky into his apartment, revealing RyuZU, a female automaton forged by Y himself.

News of RyuZU's arrival brings Marie Bell Breguet, the gifted heir of a distinguished line of clockmakers, and her cyborg bodyguard Vainney Halter into Naoto's life as well. When she and Naoto both become embroiled in an action-packed battle for their lives, they discover an uncomfortable truth: the clockwork planet that humanity has lived on for over a millennium is beginning to break down—a secret that many people will kill to protect.

[Written by MAL Rewrite]