Новая Вестроя была спасена, и «Отчаянные бойцы» уже было расслабились, как вдруг появляется Рен Кролер с Гандэлии, который пытается перетянуть на сторону своей планеты «Отчаянных бойцов». Рен убеждает их в том, что ему нужна помощь, дабы защитить свою планету от нифианцев. Дэн [空操弾馬] и его друзья охотно верят ему, но в это же время появляется принцесса Фабия [ファビア・シーン] с планеты Нифия, которая рассказывает, что настоящие враги «Отчаянных бойцов» — это гандэлианцы, а нифианцы — те, кому действительно нужна помощь. Рен пытается перетянуть на свою сторону других бойцов бакуган, как бы «зомбируя» их. Итак, Дэну, Маручо [丸蔵兆治], Джейкобу [ジェイク・ヴァレリ], Шуну [風見駿] и Фабии [ファビア・シーン] предстоит остановить гандэлианцев, а также не позволить последним уничтожить Нифию и Землю.

Bakugan Interspace is a virtual reality system, where players can brawl against each other and take part in tournaments. Initially designed to help practice and enhance Bakugan skills, it quickly became a meeting place for many enthusiasts. During one of Danma Kuusou's duels, the Interspace crashes, and he gets knocked out cold. Before regaining consciousness, he experiences a vision of Bakugan at war with each other once again.

The explosion of energy that accompanied Danma's fight and caused the shutdown of the system sends shock waves across the galaxy, attracting the attention of the Twelve Orders, a Gundalian organization. They infiltrate Bakugan Interspace, looking for strong brawlers to join them in their upcoming war with another alien race, the Neathians.

Danma and his companions—Shun Kazami and Chouji Marukura—soon find themselves caught up in an extraterrestrial war. However, distant as it may seem, the conflict threatens the very sovereignty of Earth and the future of the Bakugan race as well.

[Written by MAL Rewrite]