К 2022 году технологии квантовых компьютеров получили невероятное развитие, и многие люди переместили свое сознание в кибер-пространство.

Шики [Shiki Mikage], сестра Рэму [Remu Mikage], в 14 лет сбежала из дома и поступила в старшую школу в городе-академии, известном как «Плавучий Остров-Мегаполис Окинотори» (сокр.: «ПОМО»). Однажды Шики призналась Рэму, что разговаривает с ним напрямую из кибер-пространства, а ее тело в этот момент находится в заполненной специальной жидкостью капсуле — «боди-пуле» (англ. «бассейн для тела»). С сетью Шики соединяется благодаря нано-машинам, имплантированным прямо в ее мозг.

Рэму был удивлен, но не стал осуждать решение девушки... до тех пор, пока в ПОМО не разразилось «Короткое замыкание». Сетевой сервер не справился с нагрузкой, и сознания пользователей затерялись в кибер-пространстве, оставив живые, но бездушные тела в боди-пулах. Рэму, пытаясь помочь своей сестре, отправляется в ее квартиру в ПОМО и там обнаруживает Шики! Но девушка говорит, что она полностью потеряла память, а на уровне интуиции ей кажется, что тело Шики ей на самом деле не принадлежит. Пока Рэму пытается собраться с мыслями, на квартиру внезапно нападают...

One day, when Remu Mikage is on a video call with his sister, Shiki, who has traveled to the futuristic Okinotori-island Mega Float City for school, she confesses that both the audio and visuals of her are completely artificial. In order to be more efficient in her studies, Shiki has used neural-linked nanomachines to upload her consciousness onto a computer and is storing her physical body in a "body pool." While shocked, Remu is supportive of his sister's decision, until the disaster known as the "Early Rapture" happens.

The Early Rapture causes everyone who has uploaded their consciousnesses to either fall into a coma or perish. Remu visits his sister's empty apartment one last time, but is shocked when Shiki arrives at the door. With no memory of her family or past, and being pursued by a violent group of researchers, Shiki and her brother are forced to flee using her newfound power of nanomachine manipulation.

[Written by MAL Rewrite]