Человечество потеряло большую часть суши из-за глобального потепления в первой половине XXI века, после чего в водах всех стран внезапно появляется «Туманный флот», вооруженный супер-оружием. Не имея возможности противостоять этому флоту, человечество было побеждено и больше не могло путешествовать по морям.

Семнадцать лет минуло после той разрушительной морской войны. Гунзо Чихая и его друзья смогли захватить и реквизировать подводную лодку входящую в состав «Туманного флота» и переименовали её в I-401. Вместе с Ионой («ментальной моделью» или физическим воплощением, в форме гуманоида, подводной лодки I-401) они объявляют войну «Туманному флоту».

In the year 2039, the drastic effects of global warming have caused sea levels to rise, resulting in major loss of land. To ensure humanity learns its lesson, a fleet of powerful warships equipped with advanced weaponry emerges, causing overwhelming defeat for naval forces throughout the world. Calling themselves the Fleet of Fog, each ship has a "Mental Model," a humanoid avatar which represents the ship's heart, its "Union Core." Each model has a different personality but all follow an unknown authority known as the Admiralty Code, who have implemented a blockade to prevent humans from traveling across the sea.

Seventeen years after the blockade, Gunzou Chihaya, a National Marine Academy alumnus, stumbles upon I-401 and its Mental Model, Iona, who sides with mankind for unknown reasons. Utilizing this newfound hope of achieving peace for humanity, Gunzou and his friends form a group of privateers, known as the Blue Steel, as they set out on a dangerous journey.

[Written by MAL Rewrite]